Como não havia mais obstáculos até Assunção, ela foi ocupada pelos aliados e a Força Naval fundeou em frente à cidade, em janeiro de 1869.

Em fevereiro de 1869, o Chefe-de-Esquadra Elisário Antônio dos Santos assumiu o comando da Força Naval.

Os navios que ficaram no Paraguai eram os de menor calado, mais úteis para atuar nos afluentes.

Uma Força Naval subiu o Rio Paraguai até território brasileiro, em Mato Grosso. Não houve mais combates a partir daí.

A Guerra foi muito importante para a consolidação dos Estados Nacionais na região do Rio da Prata. Foi durante o conflito que a unidade da Argentina se consolidou. Para o Brasil, foi um grande desafio que mobilizou o País e uniu sua população. Foi lá que os brasileiros das diferentes regiões do País se conheceram melhor, passando a se respeitar e a se entender.