O que ocorreu na Bahia de 1798, ao contrário das outras situações de contestação política na América Portuguesa, é que o projeto que lhe era subjacente não tocou somente na condição, ou no instrumento, da integração subordinada das colônias no império luso. Dessa feita, ao contrário do que se deu nas Minas Gerais (1789), a sedição avançou sobre a sua decorrência.
Dentre as diferenças entre a Inconfidência Mineira e a Conjuração Baiana, podemos elencar como marca distintiva