A costa do território brasileiro foi invadida por franceses, que chegaram a fundar a França Antártica, no Rio de Janeiro, e a França Equinocial, no Maranhão.

Diante do interesse de Portugal no comércio de especiarias no oriente, a Coroa manteve apenas o cultivo do pau-brasil no litoral da América Portuguesa.

Foi um período de sucessivos ataques de estrangeiros ao longo da costa, o que levou a Coroa portuguesa a organizar expedições guarda-costas no território.

Ocorreram diversas rebeliões organizadas por povos indígenas no período, incluindo a Guerra dos Bárbaros, na região Nordeste, e as Guerras Guaraníticas no extremo sul. 

A partir da distribuição de sesmarias, iniciou-se a cultura açucareira na porção Nordeste, fazendo largo uso de mão de obra escrava, sobretudo de africanos.