O ativismo da Igreja no movimento abolicionista promoveu a insatisfação de grupos políticos escravistas do Império, o que culminou na prisão de alguns membros do clero e, como retaliação adotada pela Igreja, a excomunhão de nomes do alto escalão do Partido Conservador. 

Após o imperador suspender a aplicação da bula papal conhecida como Syllabus, os bispos de Olinda e Belém preferiram cumprir as recomendações do papa contidas no documento, o que provocou a prisão temporária de ambos e, consequentemente, o afastamento entre a Igreja e o governo monárquico. 

A permanência da escravidão indígena na região amazônica provocou denúncias e críticas à monarquia por parte da Igreja, contribuindo para o afastamento entre as duas instituições e a expulsão de missionários católicos da porção norte do Brasil. 

O apoio público do alto clero às posições radicais de oficiais republicanos do Exército foi rechaçado pelos partidos tradicionais que compunham governo imperial, que por isso decretaram a suspensão de recursos do Estado para a manutenção da Igreja Católica.

A participação de padres e outros representantes do baixo clero de São Paulo na sessão solene de fundação do Partido Republicano Paulista, em 1873, foi o estopim para que católicos defensores da manutenção do regime monárquico adotassem reações violentas contra a Igreja.