combater os franceses instalados na Baía de Guanabara, que apoiados pelos indígenas Tupinambá, haviam fundado uma colônia denominada de França Antártica. 

organizar a exploração de metais preciosos iniciada no interior dos domínios portugueses, a partir da criação de um sistema administrativo eficiente na região das minas.

identificar acidentes geográficos ao longo da costa e os limites firmados pelo Tratado de Tordesilhas, bem como regular a extração de pau-brasil na região Nordeste.

iniciar a ocupação da terra e sua exploração econômica por colonos portugueses, sendo sua primeira iniciativa a fundação de São Vicente, a primeira vila da América Lusa.

combater povos indígenas que se mostraram hostis à colonização portuguesa, recorrendo, para tanto à convocação de bandeirantes paulistas pelo sertanismo de contrato.