O problema do desmatamento no pantanal brasileiro está relacionado à expansão das fronteiras agrícolas da monocultura da soja e do algodão, que tem dominado a paisagem da depressão pantaneira, interferindo diretamente nos regimes das chuvas. 

A exploração de minério de ferro e bauxita tem aumentado significativamente os índices de desmatamento na região pantaneira. Os planaltos estão se transformando em enormes depressões pela ação da mineração, provocando um fluxo migratório deanimais endêmicos para o cerrado.

A pecuária é o principal vetor do desmatamento no Pantanal, seguido pela produção de carvão vegetal. O regime pluviométrico na planície pantaneira tem se alterado com o desmatamento, as chuvas estão ficando cada vez mais escassas e ao mesmo tempo mais extremas no verão.

A construção de Pequenas Centrais Hidrelétricas (PCHs) e o desmatamento tem prejudicado todo ecossistema pantaneiro. Os lagos das barragens alteraram a qualidade da vida aquática, no período da piracema, os peixes não conseguem subir o rio, desequilibrando toda cadeia alimentar. Com o desmatamento, os tuiuiús disputam as poucas árvores para fazer seus ninhos. 

O pantanal é a região de expansão das agroindústrias de aves e suínos. Grandes extensões florestais estão sendo desmatadas para a criação e o abate desses animais. Os dejetos da produção são despejados sem tratamentos nos corixos, contaminando lagoas e rios.