Na crise, o Império ainda teve de enfrentar outro inimigo interno: a Igreja. O imperador detinha o direito de Padroado, e a Carta de 1824 criara a instituição do beneplácito e, de acordo com ela, todas as bulas e mensagens do papa deveriam ser sancionadas pelo imperador antes de serem aplicadas. Desse modo, a Igreja estava sob completo domínio da monarquia.