as bandeiras não tiveram importância na prospecção de metais preciosos, como o ouro, que se deu somente através das Entradas. 

os bandeirantes se envolveram em diversos conflitos com jesuítas, impactando na ocupação da região Sul da colônia. 

o bandeirismo paulista tinha como prática fazer aliança com os jesuítas, em particular, nas missões no sul do país. 

enquanto as bandeiras eram financiadas exclusivamente pela coroa portuguesa, as entradas eram expedições fluviais privadas que usavam os rios nordestinos.

o bandeirismo se limitou territorialmente ao espaço demarcado pelo Tratado de Tordesilhas.