Considerada a maior bacia hidrográfica do planeta, a Bacia Amazônica é mais bem aproveitada para a geração de energia, por isso o transporte fluvial não é bem desenvolvido.

Fazendo uma ligação entre as regiões Norte e Nordeste, a Bacia do São Francisco apresenta poucos rios navegáveis e baixo potencial hidrelétrico devido à seca da região.

A bacia hidrográfica Tocantins-Araguaia abriga a maior ilha fluvial do mundo e Belo Monte, a terceira maior hidrelétrica brasileira.

A bacia hidrográfica do Paraguai tem grande parte das suas águas na planície do Pantanal Mato-grossense e seus rios são utilizados principalmente para a navegação.

Situada nas regiões sul e sudeste, a bacia hidrográfica do Uruguai é dotada de grande potencial hidrelétrico, mas suas águas são usadas exclusivamente para o transporte fluvial.