A calagem do solo foi uma das grandes ações realizadas no Brasil para que a produção de grãos pudesse expandir para o Centro-Oeste, mas não foi realizada pela EMBRAPA graças à limitação tecnologia a qual ela se subestimava na época de sua criação.

A soja se consolidou, inicialmente, no Sul do país, mas com o aumento da demanda no cenário mundial, os estudos realizados pela EMBRAPA levaram à tropicalização da soja, permitindo que tal grão se adaptasse ao clima do Centro-Oeste brasileiro.

A produção agrária está presente em todo o território brasileiro, entretanto, as ações da EMBRAPA acontecem apenas no centro-sul brasileiro, onde há laboratórios. Sendo assim, o Nordeste e, principalmente, a região Norte ainda não são focos de pesquisa.

Muitas adaptações e melhorias desenvolvidas pela EMBRAPA garantiram ao agronegócio brasileiro maiores lucros, entretanto, a maior crítica feita à tal instituição é limitar-se à tal grupo, enquanto a agricultura familiar não é amparada por tecnologia.

Após a década de 1990, com a entrada maciça de multinacionais no Brasil, inclusive em ramos que favorecem o agronegócio, como é o caso de empresas de fertilizantes, as ações da EMBRAPA foram destinadas apenas à agricultura familiar.