Enquanto as bandeiras eram financiadas exclusivamente pela coroa portuguesa, as entradas eram expedições fluviais privadas que usavam os rios nordestinos.

As bandeiras, expedições oficiais de apresamento de indígenas, não tiveram importância na prospecção de metais preciosos, como o ouro, que se deu somente através das Entradas.

O bandeirismo se limitou territorialmente ao espaço demarcado pelo Tratado de Tordesilhas.

Os bandeirantes se envolveram em diversos conflitos com jesuítas. Isso acabou por influenciar na ocupação da região Sul da colônia.

O bandeirismo paulista tinha como prática fazer aliança com os jesuítas, em particular, nas missões no sul do país.